Granatum:用户友好的单细胞RNA测序分析网络工具

Lana Garmire博士描述了她分析scRNA-seq数据的新工具,发表在《基因组医学》杂志上。

单细胞RNA测序(Single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)是研究基因组事件到单个细胞水平的前沿研究领域,为许多生物学和医学问题提供了前所未有的见解,如癌症异质性和肿瘤微进化。由于从每个细胞中获得的起始生物材料(RNA)非常少,这项技术面临着独特的挑战。因此,与传统的RNA测序相比,scRNA-seq数据的噪声要大得多,而传统的RNA测序是从大量的细胞中提取RNA,因此RNA的数量要丰富得多。此外,随着该技术的普及,近年来对scRNA-seq数据分析的需求呈指数增长,这对缺乏生物信息学经验的基因组学科学家提出了严峻的挑战。

我们开发了Granatum,一种新的图形交互网络工具,旨在让缺乏或没有编程经验的科学家能够独立分析scRNA-seq数据。Granatum在拉丁语中是石榴的意思,它半透明的小种子与scRNA-seq中的单个细胞非常相似。该网站是免费在线提供的在这里。不需要一行代码,它帮助用户通过以下一系列的分析过程:

与其他为类似目的开发的工具相比,Granatum具有最全面的分析功能(模块),从批效应去除(A和B)一直到重建所有单细胞的发育轨迹(C)。

它的独特之处还在于其友好的图形用户界面,为用户提供了许多可下载的彩色情节和交互式图形。开发团队已经添加了一个在线用户手册YouTube演示视频,并能立即回答用户的问题。作为其实用性的证明,这个漂亮的网络工具在发布时已经吸引了世界各地的数百名用户。

由于这是一个快速发展的领域,Granatum团队积极更新工具,以更快的速度、更广泛的用户基础和更全面的覆盖分析方法。目前插件标准化也在进行中,以使Granatum成为真正连接终端用户和其他单细胞生物信息学开发者的工具。

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