未来的科学家:丽贝卡·安索(Rebecca Ansorge)与我们谈论她对肠道微生物组的研究

对于我们的“未来科学家”系列,我们今天与Quadram Institute的Rebecca Ansorge博士谈论她的研究,她认为环境微生物学研究的时间是几十年来的情况,以及她对追求一项兴趣追求的任何人的建议环境研究的职业。丽贝卡赢得了2021环境微生物组她在2021年分子微生物生态小组(MMEG)会议上的演讲奖。

您能告诉我们一些关于您正在做什么的事情吗?
我目前正在研究人类肠道微生物组及其在疾病状况(例如炎症性肠病:IBD)和家庭中的传播和进化过程希尔德布兰德集团。我的大多数研究都依赖于元基因组测序,并使用这些数据来探索微生物组特异性变异的相关性。例如,我们正在进行的荟萃分析的初步数据表明,在特异性应变水平上的微生物组转移似乎与仅考虑物种级别数据的观察到的那些似乎与疾病状态有关。

目前,我正在开发识别菌株及其相关基因含量的方法,以利用特异性内的可用信息,以更好地了解人类微生物组动力学。

我迷上了与宿主相关微生物组中特异性变化的相关性,我决定在更复杂的系统(人类微生物组)中探索这些问题。

您是如何在这个特定研究领域工作的?
我一直对共生式着迷,更具体地说,微生物与真核宿主及其进化之间的相互作用。在我在Max Planck海洋微生物学研究所的Dubilier教授中的博士学位期间,我研究了深海水热通风孔的硫氧化细菌和贻贝之间的高度特异性细胞内共生。这些贻贝依靠它们的细菌共生体来从无机的化学能源中产生生物量。即使最初这个系统似乎很简单,我们很快就意识到魔鬼在细节上。我们发现,尽管代表了一种细菌,但我们发现了贻贝中这种物种的各种菌株。我们假设这种应变多样性而不是有害,而是宿主的适应性优势,使其更适合突然的环境变化。

我们正在尝试突破分类学分辨率和相关基因含量的极限

博士学位后,我对与宿主相关的微生物组的特异性变异的相关性感到困扰,我决定在更复杂的系统(人类微生物组)中探索这些问题。像深海贻贝一样,我们人类也依靠我们的微生物组来生存和生存。即使该系统与海洋共生有很大不同,但大多数问题在两者和其他许多环境中基本相同:特异性变异与宿主微杆相互作用的相关性是什么?存在哪种菌株?宿主 - 微生物组的相互作用是否在特异性水平上表现出来,我们可以通过研究这一点来学到什么?

您会说您正在进行的研究的亮点是什么?
我认为很难确定我的研究的一个亮点。我最喜欢的方面之一是,我们试图推动分类学分辨率和相关基因含量的极限,以提高我们对健康和疾病中微生物宿主相互作用的理解。

这些细菌实质上可以使整个铁消失的意识到,在环境中可能会造成巨大后果,例如油管道腐蚀,确实使我震惊。

是否有某人/某事或事件激发您从事环境微生物学工作?
我认为我对微生物学的热情始于我仍在学士学位,并在弗里德里希·威德尔(Friedrich Widdel)教授的丹尼斯·恩宁(Dennis Enning)博士与丹尼斯·恩宁(Dennis Enning)博士一起在马克斯·普朗克海洋微生物学院工作。在这个职位上,我研究了一个研究海洋沉积物中发生的铁腐蚀细菌的项目。这些细菌实质上可以使整个铁消失的意识到,在环境中可能会造成巨大后果,例如油管道腐蚀,确实使我震惊。对我而言,第二个因素是国际马克斯·普朗克海洋微生物学研究院(Marmic),我在那里获得了硕士学位和博士学位。它包括研究实验室的大量培训以及海洋沉积物中的现场工作。我认为,获得样本,方案,显微镜和分子生物学以及所有背后的理论是我对环境微生物学兴奋的重要组成部分。

但是我认为,没有微生物没有环境,动物或植物就可以促使我研究环境样本中的共生,相互作用和社区动态,而不是专注于实验室条件。

您如何发现通过大流行工作?这影响了您的研究吗?
我认为自己是一个幸运的科学家之一,大流行对我的研究的影响相对较小。我的大部分工作都是基于计算机的,我们已经为我正在从事的项目之一提供了数据。另外,我没有任何个人关怀责任,我认为这会使事情变得更加困难。话虽这么说,我大部分时间都在家里大流行期间工作,这变得越来越困难。在我看来,缺乏与朋友和同事的个人接触和科学(和非科学)交流对重点和动机有害。我认为,仅通过向您的办公室 - 尼克布尔问这个快速问题而进行了许多科学讨论,而这种休闲交流已经通过在家工作完全消除了。

完成当前的研究项目后,您的计划是什么?
我真的很喜欢我目前正在做的工作,完成我正在进行的项目将需要一些时间,因为我进入该职位不到1年。从长远来看,我想申请资金,以集中精力并加深有关人类肠道微生物组及其与宿主的互动的研究问题。

我认为,与目前有更多的知识和工具可以在此规模上分析的知识和工具相比,我们已经很屈膝地产生了更多的数据。

您认为环境微生物学会在10或20年内作为研究领域是什么样的?
我认为,与目前有更多的知识和工具可以在此规模上分析的知识和工具相比,我们已经很屈膝地产生了更多的数据。我认为接下来的10到20年将需要计算方法来赶上明智的分析和连接大量的宏基因组学,转录组学,代谢组学,环境数据等。因此,我认为对于计算生物学家来说,这将是一个美好的时光和挑战。话虽如此,在我看来,最终证明我们经常需要实验性微生物学的过程或相互作用需要什么,而对高缩放高通量细菌培养的当前努力对于跟上和补充与培养的无关方法非常重要。

用开放而好奇的头脑做到这一点。

您会给任何想要从事环境研究职业的人提供什么建议?
用开放而好奇的头脑做到这一点。我在职业生涯的短时间内学到的一个关键方面是,有时我们只是专注于系统或一种方法。但是,通过寻找其他领域和系统,我们发现了许多可转移的理论和想法。通过缩小和了解这些这些,我们使自己的研究变得更加丰富,也可以看到更广泛的模式。

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