大数据和更大的削减——合作的方法

鹰基因组公司持有他们的3个理查德·道金斯年度研讨会21日在剑桥2013年3月,在大数据和生物信息学削减的共同主题下,提供了各种各样的谈话。其间还穿插着非常有用的网络对话。

在这样的会议上见到我们的作者总是一件令人高兴的事,我也很高兴见到了a甜菜一年前发表在BMC基因组学.她的出席(以及其他来自植物界的人士)标志着,与2011年和2012年的前两次会议相比,植物基因组学得到了更大的重视。

会谈内容包括在博物馆环境中使用下一代方法识别古旧样品、竞争前联盟以及绿色计算软件的开发。完整的议程可以查阅在这里

主讲人是John Wise皮斯托亚联盟(一个旨在降低创新障碍的生命科学团体的竞争前联盟)——其主题是“开放创新确实有效,皮斯托亚联盟为我们指明了道路他成功地把伊桑巴德·金德姆·布鲁内尔、物理学和更多的内容纳入了发人深省的演讲中。他的部分论点是,物理学和制药行业的区别在于,物理学领域的管理人员很早就意识到对计算机的基本需求。

另一个描述竞争前联盟的演讲是我们的第一位演讲者詹森描述eTRIKS(欧洲翻译信息和知识管理服务)项目,一个由欧盟框架项目和一组制药公司(efpia-欧洲制药工业和协会联合会)。这一举措很好地响应了集中资源和合作的需求,以便在这个高成本的基因组学领域通过大数据和更大的削减取得进展。这个工具是基于tranSMART项目平台的,下一轮的开发是由tranSMART基金会与eTRIKS和其他人一起工作,以实现“……一个全球性的基于信息的分析和竞争前的数据共享平台,用于临床和转化研究”。

Rutger Vos来自自然生物多样性中心在荷兰,荷兰描述了储存原型物种的自然历史博物馆。他提到了最近对一种“老番茄”的基因组学分析,这在一定程度上是对人们认为现在番茄不如以前甜的看法的回应。他们正在调查这是否可能是真的。科学关于番茄成熟的文章)通过检查那些非常老的、处于工业化前的品种。目前他们已经掌握了150个基因组的数据。

作者s.m imini(自己的作品),维基共享

他描述了一些与古代DNA相关的附加复杂性,如它们的碎片性质和发生在a或g后断裂的可能性,取代也开始出现,这是脱氨的结果;它们不是单核苷酸多态性(SNPs)。

唯一来自大学环境的演讲者是Katy Wolstencroft,她描述了支持SysMO-DB项目旨在“发现、分享和交换系统生物学中的数据、模型和过程。“这是一个基于网络的平台,用于大型财团的第一个实例和随后的分发。它是一个遵循标准的企业。

所有的发言者都为大数据和更大的削减这一主题带来了一些新的东西,但没有人比施季烨(UCB)更有新意,他为我们提供了一个由制药公司支持的绿色计算倡议。他所描述的软件是为了在移动设备上使用备用周期而开发的,而移动设备现在几乎和台式机一样强大。

作者:HLundgaard(自己的作品),维基共享

该项目的下一个阶段是在大学生的移动设备上测试可下载的应用程序,以确定任何性能或加热问题。

这是一个充满信息的日子,通过研讨会中描述的协作、互动和分享的程度,大数据和更大削减的联合挑战可以带来积极的结果。BMC生物信息学BMC基因组学正急切地等待第四次专题讨论会

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